Frygtet brasiliansk variant af covid-19 fundet i Danmark

Den er blandt de mest frygtede blandt de farlige varianter, som er muteret frem fra den oprindelige covid-19-virus. Den brasilianske variant – også kaldet P.1 – er både mere smitsom og har så stærke undvigelsesmekanismer over for antistoffer, at en hel by i Brasilien, som ellers havde opnået flokimmunitet, blev smittet igen. Og nu har DTU fundet den i en prøve fra et af hovedstadens hospitaler

Tue Sparholt Jørgensen, postdoc på DTU Biosustain, har udviklet DTUs Sanger-sekventeringsmetode, og det er ham, som nu for første gang har påvist den frygtede brasilianske variant P.1 i Danmark. Fold sammen
Læs mere
Foto: Jonathan Filskov

Forskere på DTU har gjort et foruroligende fund. Mandag fandt de tre afgørende mutationer i en positiv covid-19-test fra et af hovedstadens hospitaler, og på DTU er de ikke i tvivl.

Den frygtede brasilianske variant, som både er mere smitsom og har stærke undvigelsesmekanismer over for antistoffer, er kommet til Danmark. Hvordan og i hvilket omfang er endnu uvist. Foreløbigt er den kun fundet i en enkelt prøve.

Sundhedsminister Magnus Heunicke (S) skriver på Twitter, at der er iværksat intensiv smitteopsporing.

»Det er selvfølgelig umiddelbart bekymrende, at vi nu kan se den brasilianske variant i en dansk covid-19-prøve, selvom vi ikke kender de nærmere omstændigheder bag prøven,« siger Helene Larsen, som er udviklingschef ved Center for Diagnostik på Danmarks Tekniske Universitet (DTU).

Smitteopsporingen under Styrelsen for Patientsikkerhed har ifølge Helene Larsen været på sagen siden mandag, og Styrelsen for Patientsikkerhed oplyser til Berlingske at smitteopsporingsenhedens særlige task force for farlige varianter er på sagen.

Den brasilianske variant er nemlig alvorlig. I begyndelsen af året var alle forskeres øjne rettet imod Manaus i det nordlige Brasilien. Her havde de første smittebølger inficeret så store dele af befolkningen, at der burde være flokimmunitet. Et så stort antal mennesker havde været smittet og dermed udviklet antistoffer mod virus, at det ikke burde være muligt for virus at finde nye værter. Men virus fandt en vej gennem mutationer, befolkningen tilsyneladende blev smittet igen, og den nye variant, som alarmerede hele verden, fik navnet P.1.

SSI igen bagefter

Foreløbig er der kun fundet et tilfælde, og det kan være, at det lykkes at inddæmme smitten. Hvis ikke, trøster Helene Larsen med, at det trods alt er lykkedes at spore den brasilianske variant i prøven fra et af hovedstadens hospitaler.

»Set fra vores perspektiv er det dog samtidig betryggende, at vi, med den sekventeringsmetode vi har valgt, er lykkedes med at påvise den inden for ganske kort tid,« siger Helene Larsen.

DTU sender, som tidligere beskrevet i Berlingske, prøver fra Slagelse Hospital, Herlev Hospital, Hvidovre Hospital, Rigshospitalet og Bispebjerg Hospital. til såkaldt Sanger-sekventering i Köln, hvorefter der kommer svar på eventuelle mutationer i løbet af en til to dage. Metoden har mødt kritik, fordi der findes private testleverandører som for eksempel Eurofins og PentaBase, som kan spore de farlige varianter – de såkaldte variants of concern (VoC) – inden for nogle timer, men metoden har til gengæld fordele frem for Statens Serum Instituts (SSI) og TestCenter Danmarks metoder.

SSI og TestCenter Danmark kan nemlig kun spore den brasilianske variant ved helgenomesekventering, som tager mellem fire og syv dage.

Mandag kunne SSI meddele, at man nu havde den længe ventede og forsinkede delta-2-pcr-test klar. 12. januar tilbød Eufofins Genomics, at firmaet kunne levere hurtige test, som kan skelne farlige varianter fra hinanden, men det tilbud tog SSI ikke imod. 21. januar opfordrede European Center of disease Prevention and Control til, at EUs medlemslande skulle forsøge at overvåge de farlige varianters udbredelse i real time, og i slutningen af januar lovede SSI, at de ville have en løsning, der hurtigt kan skelne de forskellige farlige varianter fra hinanden, klar i uge fem.

Det blev den ikke, men mandag var den klar, og den kan skelne den britiske variant, B.1.1.7, og den sydafrikanske variant fra hinanden. Men den kan ikke specifikt påvise den brasilianske variant, P.1.

De tre mutationer, som er kendetegnende for den brasilianske variant, er E484K, N501Y og H655Y, og SSIs delta-2-pcr kan ifølge SSIs pressemeddelelse endnu ikke spore en række varianter med mutationen E484K. Dog antager SSI, at P.1 vil blive fundet med delta-2-pcr, men at det ikke vil være muligt at skelne den brasilianske variant fra den sydafrikanske variant.

Men DTUs metode kan skelne.

»Sanger-sekventering er en kendt metode i meget store dele af verden og vil ikke kræve så stor forberedelse af prøverne som andre metoder. Og det er fortsat en af de metoder, man måler nyere metoder op imod. Endelig, og det er jo særlig relevant i en dansk kontekst lige nu, så kan Sanger-sekventering både bekræfte, at de specifikke brasilianske P.1-mutationer er der, og at de specifikt sydafrikanske ikke er der,« siger Helene Larsen.

Prøven, som først blev analyseret og fundet covid-19-positiv i et af Region Hovedstadens laboratorier, hvorefter DTU har udført Sanger-sekventering, er også blevet helgenomsekventeret med samme resultat. Det er den brassilianske variant, der er kommet til Danmark.