Hastighed og hurtige testsvar er afgørende, når det kommer til bekæmpelse af coronaepidemien.
Og hurtige testsvar er ikke blevet mindre vigtige efter fremkomsten af nye problematiske mutationer. Ifølge Statens Serum Institut (SSI) er løbet kørt med hensyn til den britiske variant B.1.1.7, som vil få overtaget i Danmark i løbet af februar, men der er stadig håb for at begrænse eller ligefrem inddæmme den sydafrikanske virusvariant, som AstraZeneca-vaccinen er nærmest virkningsløs over for.
Det vil kræve hurtige og præcise data, men i øjeblikket går der mellem fire og syv dage, før man kan afgøre, om de farlige mutationer er til stede, og nu viser det sig, at SSIs lovede nye og bedre – og ikke mindst hurtigere – værktøj, der skal komme forsinkelsen på testsvar om særlige virusvarianter til livs, selv er blevet ramt af forsinkelse.
28. januar oplyste SSI til Berlingske, at den nye metode, der kan skelne de enkelte virusvarianter fra hinanden, ville blive implementeret i uge fem.
»Det forventes, at der implementeres en ny og hurtig metode, der kan skelne de enkelte varianter fra hinanden i uge 5,« skrev SSI, da Berlingske spurgte, hvorfor SSI ikke var interesseret i den løsning på samme problem, som det private firma Eurofins Genomics tilbød SSI i midten af januar.
Men uge fem er gået, og SSIs test er endnu ikke implementeret, og SSI har endnu ikke besvaret Eurofins tilbud.
Adspurgt om hvornår den nye metode vil være færdigtestet, lyder svaret fra SSI således:
»Indenfor et par uger håber vi,« skriver overlæge og virusforsker ved SSI Anders Fomsgaard i en mail sendt til Berlingske i slutningen af uge fem.
SSIs nye metode kaldes »spike-sekventering«, og metoden kan ifølge SSI fra dag til dag præcist afgøre spørgsmålet om, hvilken virusvariant der er tale om, hvis den positive prøve vel at mærke allerede er klar.
Nyheden om forsinkelsen kommer samtidig med alarmerende nyheder fra udlandet. Vaccineeffektiviteten over for den sydafrikanske variant er – med en vis usikkerhed – målt ned til blot cirka ti procent.
Heldigvis er der – ifølge direktør for Statens Seruminstitut Henrik Ullum – endnu ikke »samfundssmitte« med den sydafrikanske mutation i Danmark, men de hurtige værktøjer til at spore smittespredningen af den sydafrikanske såvel som de brasilianske mutationer er ikke på plads.
Tager et par dage
Danmarks Tekniske Universitet, der løser opgaver for en række hospitaler, foretager en lightudgave af sekventering, hvor varianterne præcist kan skelnes fra hinanden. Det tager et par dage fra prøvetagning til sekventeringssvar.
I samfundssporet kan Statens Serum Institut og Test Center Danmark først med sikkerhed konstatere smitte med de problematiske virusvarianter efter helgenomsekvensering, som tager mellem fire og syv dage fra prøvetagning til sekventeringssvar. Formålet med den metode er også at finde helt nye, ukendte varianter, hvilket de hurtige metoder ikke kan. Helgenomsekventering egner sig derfor ikke til smitteopsporing, men er en nødvendig metode for at udvikle de hurtige værktøjer, som skal bruges i smittesporingen.
SSI præsenterede i januar den såkaldte Delta-PCR-test, som er hurtigere, men den kan ikke skelne bekymrende og knap så bekymrende varianter præcist fra hinanden og kan slet ikke fange den sydafrikanske variant.
Det er et problem, for ifølge Styrelsen for Patientsikkerhed, der står for smitteopsporingen, er »hastighed i alle led et afgørende parameter for en effektiv smitteopsporing«, skriver styrelsen til Berlingske. I dag kontakter smitteopsporingen de smittede personer ved konstateret smitte, men først senere får styrelsen besked om, hvilken særlig variant den smittede er ramt af.
Torben Mogensen, formand for Lungeforeningen, er ærgerlig over forsinkelsen.
»Det ville være rart at vide, for det er enormt vigtigt at få fat i de der varianter så hurtigt som overhovedet muligt for at lægge pres på og få folk til at gå i isolation og i det hele taget for smitteopsporingen over for de pågældende varianter. Så det er rigtig ærgerligt, at det er blevet forsinket,« siger han.
Berlingske har spurgt SSI om årsagen til forsinkelsen, men har ikke modtaget svar.
Der findes til gengæld en løsning på det problem på det private marked.
Nyt firma byder sig til
12. januar tilbød medicinalfirmaet Eurofins Genomics – som Berlingske tidligere har beskrevet – SSI deres løsning, som på to timer, plus nogle timer til selve PCR-testen, kan spore de forskellige mutationer i positive covid-19-test.
Berlingske har spurgt SSI, hvorfor det tilbud ikke har været attraktivt, men det har SSI ikke svaret på, ligesom SSI stadig ikke har givet Eurofins et endeligt svar.
Til gengæld har SSI oplyst, at man arbejder på sin egen løsning, som altså nu er forsinket.
Nu melder endnu et privat firma sig ind i kampen om en hurtig løsning.
Stephanie Ørum, ph.d. i molekylær og cellulær medicin og forsker hos Novozymes, fortæller, at Novozymes er i gang med at udvikle en PCR-baseret test, der kan vise, hvorvidt en virusprøve indeholder nye, særlige varianter, eksempelvis den engelske, sydafrikanske eller brasilianske variant. Det nye værktøj består i et molekyle, som er tænkt som en slags overbygning til den nuværende PCR-test, der bruges i Danmark.
»Vores metode tager blot 30 minutter ekstra oven i tiden til den eksisterende PCR-test, der tager nogle timer at gennemføre. Dermed vil man i stedet for blot et positivt svar få at vide, om man for eksempel er »positiv med sydafrikansk variant« eller »positiv med engelsk variant«, alt efter hvad man søger efter. Så det er markant hurtigere end sekventering og vil betyde, at man har mulighed for at sætte i gang med en ekstra effektiv smitteopsporing, og dermed smitteinddæmning, lige med det samme,« siger Stephanie Ørum.
Novozymes har indgået et samarbejde med Rigshospitalet og University of Oxford, og firmaets fem mand store hold, der arbejder forskudt 14 timer i døgnet, er nu i gang med at teste firmaets nye metode på patientprøver. Hurtigheden vil, håber Stephanie Ørum, betyde »rigtig meget« for smitteopsporingen og inddæmningen af problematiske coronavarianter i Danmark og resten af verden.
Novozymes’ forventning er, at man »om kort tid« er klar til, at metoden vil kunne sættes op i stor skala med Rigshospitalet og eventuelt flere samarbejdspartnere.
Værktøjet kan tilpasses, så det også fanger virusvarianter, der i dag er helt ukendte.
»Den kan modificeres, så hvis der kommer en ny mutation i næste uge, kan vi relativt hurtigt rette den til,« siger Stephanie Ørum.
Den sydafrikanske variant, som AstraZeneca-vaccinen altså har nedsat virkning over for, indeholder samme mutation – 484K, der betegnes som en såkaldt escapemutation – som også er fundet i den brasilianske variant. Samtidig er disse mutationer lige så smitsomme som den britiske variant.
