Familien hed egentlig Cheese (ost), men hans far ændrede det, fordi han syntes, det var for pinligt, og så kom sønnen til at hedde John Marwood Cleese. Og navnet blev synonymt med en af de morsomste mænd i Storbritannien.
Det begyndte som bekendt med BBCs allerede legendariske, absurdhumoristiske satire Monty Python’s Flyvende Cirkus i slutningen af 1960erne, hvor han var en af grundlæggerne og den måske mest fremtrædende af de medvirkende. Herefter fulgte de af Monty Python afledte spillefilm, »Monty Python og Den Hellige Gral«, »Life of Brian« og »The Meaning of Life«.
Eric Idle har beskrevet John Cleese som den mest kantede af gruppens medlemmer: »Han kedede sig hurtigere end resten af os. Han var besværlig og ikke let at blive ven med. Når han er så sjov, er det fordi han ikke har dette behov for, at folk skal synes om ham. Det giver ham en fascinerende arrogant frihed.«
I 1970erne skrev Cleese sammen med sin første kone, Connie Booth, som han var blevet gift med i 1968, de 12 afsnit af komedieserien »Fawlty Towers«. De vises stadig på TV med stor succes. Cleese har aldrig lagt skjul på, at hans figur Basil Fawlty er kopieret efter en virkelig person, den koleriske hoteldirektør Donald Sinclair, som han stødte på som hoteldirektør, da Monty Python-holdet boede på the Gleneagles Hotel i Torquay. Mr. Sinclairs motto var: »Det ville have været en smal sag at drive dette hotel, hvis det ikke havde været for gæsterne.«
Cleese har betegnet ham som »den mest bedårende uforskammede mand, jeg nogensinde har truffet«. Siden har Mrs. Sinclair protesteret over serien og fremført, at figuren Basil Fawlty slet ikke ydede hendes – i mellemtiden afdøde - mand retfærdighed. Tilbage står, at Donald Sinclair rent faktisk smed Eric Idles taske ud af vinduet, fordi han mente, at den indeholdt en bombe, at han skældte højlydt ud på Terry Gilliams pga. dennes »amerikanske« bord-vaner og at han kylede en busplan i hovedet på en gæst, der havde dristet sig til at spørge om, hvornår bussen kørte ind til byen.
Senere spillede John Cleese sammen med Kevin Kline, Jamie Lee Curtis og Michael Palin i farcen »A Fish Called Wanda«, som han selv havde skrevet. Den blev en stor succes. Endnu senere havde han en hovedrolle i filmen »Kuk i timeplanen« og medvirkede i en lang række mindre roller - herunder to James Bond-film og to Harry Potter-film.
I 1996 afslog John Cleese høfligt at modtage hæderen Commander of the Order of the British Empire. I 2012 fik han hjerteproblemer og måtte melde afbud til en spillefilm. Det fik ham til det følgende år at lancere en turné i Canada med titlen »John Cleese: Last Time to See Me Before I Die Tour«.
Cleese har oplyst om sin sans for sort humor, at det var det eneste han arvede fra sin mor, Muriel, der levede til hun blev 101. Udover at han bebrejdede hende sit ofte kiksede forhold til kvinder. »Det kan ikke være tilfældigt, at jeg har tilbragt så stor en del af mit liv i terapi på grund af mit forhold til kvinder,« har han fremført.John Cleese er forblevet venner med Connie Booth siden deres skilsmisse i slutningen 1970erne og i 1981 blev han gift for anden gang. Denne gang med den amerikanske skuespiller, Barbara Trentham. Ægteskabet varede ni år. Også de skiltes som venner. Tredje og mest katastrofale ægteskab var med den amerikanske psykoanalytiker, Alyce Faye Eichelberger. De blev skilt i 2008. Skilsmissen kostede ham, hvad der svarede til 120 mio. kr. – plus seks millioner kr. om året i syv år.Da var det, som om smilet stivnede og Cleese udtalte, at hans to tidligere skilsmisser var forløbet fredeligt, men at denne »var blevet meget, meget dyr, men hver en penny værd«. Han gik straks i gang med et nyt show med arbejdstitlen »My Alyce Faye Divorce Tour«. Netop den turné medvirkede til, at han fik en losseplads, et bjerg af affald, på New Zealand opkaldt efter sig, »Mt. Cleese«, der ligger i byen Palmerston North.
Da John Cleese optrådte dér, havde humøret svigtet og han brokkede sig over alt; teatret, hvor han optrådte, publikum, der var tamt, og byen selv havde han offentligt kaldt New Zealands »selvmordshovedstad«.
Politisk har John Cleese altid befundet sig til venstre for midten. Efter først at have stemt på Labour, gik han i 1981 over til det britiske midterparti, Liberal Democrats, som han siden har støttet offentligt og i TV-reklamer og i 2008 støttede han også Barack Obamas valg til præsident i USA og tilbød velvilligt sig selv som taleskriver.
Med adresse til den republikanske vicepræsidentkandidant Sarah Palin udtalte han, »at Michael Palin ikke længere er den mest lattervækkende Palin«.