Var man studerende på Københavns Universitets historiske institut i 1970erne var Niels Thomsen en omstridt figur. Blandt de studerende og yngre lærere, hvor tidsånden dikterede intellektuel venstreorientering, var han ikke nogen populær skikkelse. Han havde nemlig sine meningers mod og han gav udtryk for sine synspunkter med en intellektuel skarphed som en ragekniv.

Niels Thomsen lyste op i disse år, hvor universitetet var præget af ensretning og åndelig smalhals. Hans knivskarpe analyser af bøger og hans oppositioner od disputatser stod at læse i Historisk Tidsskrift og var en ren nydelse. Han skrev tillige skarpe indlæg til dagspressen om både historiske og aktuelle emner.

At han skulle blive kategoriseret blandt de studerende som en slags højreorienteret siger mere om tidsånden end om Niels Thomsen. Han var nemlig født ind i et delvis socialdemokratisk miljø, idet hans far, Sigurd Thomsen, var redaktør ved Socialdemokraten. Sigurd Thomsen blev dræbt ved et nazistisk clearingmord i marts 1944.

Sideløbende med historiestudiet var Niels Thomsen aktiv i bl.a. den socialdemokratiske studenterorganisation Frit Forum. Efter studierne kom han i 1958 til Århus, hvor han var med til at opbygge Dansk Pressemuseum og Arkiv og blev knyttet som lærer til den ny journalisthøjskole.

Interessen for journalistisk og historie kombinerede han i sin doktordisputats fra 1972 med titlen Dagbladskonkurrencen 1870-1970, og fra den tid blev han fast tilknyttet Københavns Universitet. Det var midt i studenteroprørets dage, og efterhånden som han oplevede de totalitære træk ved studenterrevolten og rektor Mogens Fogs politiske dobbeltspil til fordel for studenterne, mistede han nogle af de illusioner, der havde været en del af Frit Forums aktiviteter.

Studenteroprøret havde ødelæggende langtidsvirkning for universitetet, og Niels Thomsen måtte som professor i samtidshistorie i de næste mange år døje med disse konsekvenser. Som ekspert i presseforhold blev han indvalgt i en række af de offentlige udvalg og kommissioner vedr. medieforhold.

Han fastholdt desuden sin deltagelse i den offentlige debat om en lang række samfundsmæssige forhold, som da han i 2000 skrev en række vigtige indlæg i debatten om Den Store Danske Encyklopædi og behandlingen af det 20. århundredes ideologier. Også fagligt fastholdt han en stor produktivitet og høj kvalitet, hvor meningsdannelsens udvikling og demokratiets forudsætninger var kernen.

Niels Thomsen var medlem af Videnskabernes Selskab fra 1976. Han var gift med historikeren Birgit Nüchel Thomsen, der døde 2009.