Allerede tidligt i forløbet spillede Justitsministeriet en central rolle i sagen om regeringens ulovlige ordre om aflivning af samtlige landets mink. Men ifølge justitsminister Nick Hækkerup (S) ligger ansvaret for væsentlige dele af skandalen ikke i hans egen butik.
Justitsministeren har pointeret, at ansvaret for selve den manglende lovhjemmel ligger hos embedsværket i Miljø- og Fødevareministeriet. Efterfølgende har Nick Hækkerup sagt, at Rigspolitiet har ansvaret for de talepapirer, hvor politiet blev instrueret i at presse minkavlerne, hvis de strittede imod. Og Hækkerups ministerium har også påpeget i klare vendinger, at regeringens udmelding på et pressemøde 4. november om, at minkavlerne skal aflive alle dyr, ikke er en ulovlig ordre.
