Efter mere end 25 år hos A.P. Møller-Mærsk, har Peter Frederiksen de seneste fem år arbejdet i Hamborg, hvor han er i direktionen hos det verdensomspændende rederi, Hamburg Süd. Rederiet, med over 150 skibe, har en omsætning på over 5.3 milliarder euro om året inden for primært container-fart, men opererer også inden for både tank- og bulk-markederne. Der er mere end 4.500 ansatte globalt. I direktionen er Peter Frederiksens fokus primært inden for de kommercielle ansvarsområder.

Efter overstået shipping-uddannelse, har hans karriere ført til ophold i forskellige lande og regioner globalt: to år i Spanien, otte år i Fjernøsten (Indonesien, Japan, Singapore), og fire år i USA, samt de seneste fem år i Hamborg.

Hos Mærsk var Peter Frederiksen blandt andet Liniechef for Asien-regionen, derefter for Nordamerika/Sydamerika-regionen, og derefter blandt andet Chief Commercial Officer for Maersk Line og Group Senior Vice President i Rederiet. Hos Hamburg Süd var han først regionsdirektør for Europa, Middelhavet, Mellemøsten og Indien/Pakistan, og derefter medlem af Executive Board (direktionen).

Han har suppleret sin shippinguddannelse hos A.P. Møller med diverse leder-uddannelser på INSEAD og Cornell University.

Han er medlem af bestyrelserne i USTC (United Shipping and Trading Company A/S), Uni-Tankers A/S og Bunker Holding A/S, medlem af bestyrelsen i Kongelig Dansk Yachtklub, samt medlem af VL-gruppe 68 siden 2003.

Peter Frederiksen er gift med Ulla, og er far til Jens Christian og Caroline. Familien bor i Charlottenlund. Han holder meget af at sejle, både kapsejlads og tursejlads, og sommerturen i familiens X-Yachts sejlbåd går ofte til den svenske skærgård, Skagen, Bornholm, Sønderborg/Als eller andre farvande. Derudover dyrker Peter Frederiksen ski- og motionsløb.