For ti år siden fik Jakob Haldor Topsøe sin første bestyrelsespost i familievirksomheden, Haldor Topsøe, og siden har arbejdet her taget mere og mere af hans tid. De seneste fem år har han således helliget sig industrivirksomheden, som hans berømte farfar, Haldor Topsøe, stiftede i 1940.

I 2015 blev Jakob Haldor Topsøe formand for familiens holdingselskab, der ejer virksomheden, og året efter blev han næstformand for virksomheden, da hans onkel, Henrik Topsøe, måtte trække sig på grund af sygdom.