Jakob Knudsen skrev »Tunge, mørke Natteskyer« i 1890, og en lokal anekdote fortæller, at den blev til på en natlig køretur mellem to landsbyer ved Randers Fjord. I hvert tilfælde ved vi, at den blev nedskrevet 12. november.
Sent efterår er det i salmen, »hvor Skumringen sig breder ud«, og Jakob Knudsen karakteriserer sin egen sindsstemning med linjen »Ensomhed mig truer«. Henrik Wigh-Poulsen sætter salmen i sammenhæng med Knudsens livshistorie og kalder forfatteren »manden i mørket« men tolker også teksten frem imod det håb, som et oplyst vindue kan give midt i ensomheden: »Hist kun bag et Vindve mat/Vaagelys der brænder «.
Der er nogen derude, som Wigh-Poulsen beroligende konstaterer i sin læsning af denne salme i mol med melodi af Carl Nielsen. Kun en måned efter »Tunge, mørke Natteskyer« skrev Jakob Knudsen »Se, nu stiger Solen«.