Sø- og Handelsretten er en lille domstol med bare fem dommere, herunder retspræsident Henrik Rothe og to vicepræsidenter. Dom­sstolen er opdelt i skifteafdelingen, hvor Torben Kuld Hansen er chef og eneste dommer - og så retsafdelingen, hvor de to vicepræsidenter samt endnu en dommer fungerer.

Herudover har domstolen ansat 11 dommer­fuldmægtige og fem rets­assessorer, som er ældre og rutinerede dommer­fuldmægtige, som ikke er blevet udnævnt til dommere, fordelt på de to afdelinger.

Sø- og Handelsretten kalder sig selv en specialdomstol for erhvervsrelaterede sager, men kan vælges til eller fra af brugerne på de fleste sagsområder.

Der er visse områder, hvor Sø- og Handelsretten er enekompetent. Det drejer sig bl.a. om sager om EU-design, EU-varemærke­sager samt involvensskiftesager i Storkøbenhavn – det vil sige i retskredsene København, Frederiksberg, Glostrup og Lyngby. Disse sager skal altså køre ved Sø- og Handelsretten.

Hovedparten af sagerne i domstolens retsafdeling kan vælges til eller fra af brugerne, som på flere områder kan vælge at anlægge en sag ved byretten i stedet for ved Sø- og Handelsretten.

En række sager kan altid anlægges i Sø- og Handelsretten og skal behandles ved domstolen, hvis en af parterne i en sag forlanger det.

Det kan f.eks. dreje sig om internationale erhvervssager, immaterialsager, markedsføringssager fra Forbrugerombudsmanden og konkurrencesager.