Melchior Spangenberg var graver i Christian IVs København, men ikke en helt almindelig kirkegårdsgraver, for i begyndelsen af 1600-tallet indgik han en aftale med kongen om at grave ud til en krigshavn på Slotsholmen. Så stor en opgave krævede naturligvis en kontrakt, hvoraf det fremgår, at han for sin møje personligt skulle have en løn på 1.800 daler og dertil angiveligt et pund rug, et pund byg og en tønde smør. En besynderlig aftale, kan man mene, men arbejdet blev påbegyndt og efter en halv snes år tilendebragt.
Havnen var imidlertid blot det sidste led i et projekt, som begyndte at tage form allerede et par år før, graveren kom ind i billedet. For den unge, initiativrige konge drømte ikke bare om en krigshavn, men om et nyt, centralt beliggende hovedkvarter for nationens forsvar. Foreløbig fandtes adskillige såkaldte tøjhuse, hvor kongen, adelen og magistraten værnede om deres egne beholdninger af rustninger, »stikketøj« og andet »drabstøj«, som man sagde.
Nu skulle der imidlertid ryddes op i denne uorden. Få år tidligere havde kongen indkøbt 1.000 rustninger og flere end 12.000 geværer, men af mangel på plads måtte de mange kostbare sager anbringes på slottet. En dårlig løsning, og så opstod ideen om at opføre en tøjhusbygning, der i flere etager, men under ét og samme tag, kunne rumme både flådens og landetatens samlede forråd af våben.
Det lavvandede område syd for slottet var et passende sted, og da den nødvendige opfyldning med jord og sten var overstået, begyndte bygningens vældige dimensioner at give sig til kende: 163 meter lang og 24 meter bred. Højden på tagryggen var 12 meter, og i hele den nederste etage havde det massive murværk en tykkelse på næsten 3½ meter. Skillevægge var der ingen af, men til gengæld 34 søjler til at bære loftet. På samme måde var andet stokværk et eneste stort rum. I adskillige hundrede år hævdede man, at det var den største sal i Europa, og oppe under taget blev der i hele husets længde indrettet lofter i flere etager. Det var stort tænkt og stort udført, men bygningen skulle som sagt også rumme hele nationens beholdning af krigsudstyr.
Bygningen blev taget i brug i 1604, men forinden havde en ny idé grebet kongen. Parallelt med våbenmagasinet lod han bygmesteren gå i gang med at opføre en lige så lang, men knap så bred bygning beregnet til at rumme mel, gryn, flæsk og brød – med ét ord: Den proviant, som var nødvendig, for at kongens flåde kunne sendes på langfart. Provianthuset stod færdigt i 1607. På det tidspunkt var hele området mellem Tøjhuset og Provianthuset blevet forvandlet til en fire meter dyb havn beregnet til kongens orlogsskibe, hvortil der fra Kalveboderne var gravet en 125 meter lang kanal.
Hele projektet var færdigt i 1614. En storslået idé var ført ud i livet. Fem år senere fik kongen atter en god idé. I forbindelse med at Christianshavn blev anlagt som en selvstændig købstad, lagde man Knippelsbro tværs over havneløbet. Godt for byens borgere, men skidt for kongens orlogsskibe. Den kostbare krigshavn på Slotsholmen havde i realiteten allerede udspillet sin rolle. I 250 år lå den hen til stort set ingen nytte. Så blev den fyldt op. Der blev anlagt en geværfabrik, og i dag er den et idyllisk haveanlæg bag Det Kongelige Bibliotek. Men det gamle tøjhus fyldt til randen med nationens våben og den gamle proviantgård ligger der endnu.